In 1795 kwam Napoleon aan de macht en stichtte de Bataafse Republiek. Deze bracht grote rampen met zich mee. Visserij, handel en industrie stortten in. De Fransen huisvestten er een groot garnizoen en een vloot (in combinatie met Antwerpen) die bedoeld waren om Engeland te verslaan. De Engelsen vielen aan in 1809. Hier was de Franse verdediging niet tegen bestand. Veel gebouwen werden door beschietingen en brand verwoest. Maar dankzij de Zeeuwse koortsen trokken de Engelsen zich terug zodat de Fransen de macht weer opeiste. Napoleon was woedend over de inbezitneming door Engeland en liet Vlissingen versterken.